O professor catedrático António Santos Júnior foi membro da Comissão Instaladora do Instituto Universitário de Évora, em 1976.

Tornou-se, anos mais tarde, reitor da Universidade de Évora, assumindo "papéis de relevo em alturas-chave da história recente da instituição", afirmou a atual reitora da UÉ, Ana Costa Freitas, destacando a sua "dedicação e empenho".

Ocupou o cargo entre 1987 e 1994, ano da sua aposentação.